Постановлением Губернатора Пензенской области от 19.04.1999 № 24 управление образования Правительства Пензенской области и управление по профессиональному образованию и профильной подготовки Правительства Пензенской области реорганизованы путем слияния в министерство образования Пензенской области. Первым руководителем нового ведомства - Министром образования, была назначена Чернецова Татьяна Анатольевна.
За годы своего существования Министерство образования Пензенской области возглавляли:
- 2002 - 2003 -Букин Василий Петрович;
- 2003-2007 - Скачков Юрий Петрович;
- 2007-2008 - Мельниченко Олег Владимирович;
- 2008-2009 - Коротов Владимир Иванович;
- 2009-2012, 2013-2015 - Копешкина Светлана Константиновна;
- 2015 - по настоящее время - Воронков Александр Геннадьевич.